Borneo có khoảng 21,3 triệu cư dân vào năm 2014, mật độ dân số đạt 29 người/km². Hầu hết cư dân sống tại các thành phố duyên hải, còn vùng nội lục có một số thị trấn nhỏ và bản làng dọc các con sông. Cư dân gồm chủ yếu là các dân tộc Dayak, người Mã Lai, Banjar, Orang Ulu, Hoa và Kadazan-Dusun. Người Hoa chiếm 29% dân số Sarawak của Malaysia và 17% dân số tỉnh West Kalimantan, Indonesia[106] người Hoa trên đảo chủ yếu là hậu duệ của các di dân đến từ đông nam Trung Quốc.[107]

Tại Sabah, dưới thời chính quyền Mustapha Harun của Tổ chức Dân tộc Sabah Thống nhất (USNO) trong thập niên 1970, hàng nghìn người nhập cư và người tị nạn Hồi giáo đến từ Mindanao của Philippines và Sulawesi của Indonesia được cho nương náu và sau đó được nhận thẻ căn cước, được cho là để làm tăng dân số Hồi giáo trong bang, kế hoạch này về sau được gọi là Kế hoạch IC.[108] Do số lượng tội phạm cao của cộng đồng di dân mới, căng thẳng sắc tộc giữa người bản địa và người di cư nổi lên cho đến nay.[109]

Tại Kalimantan, kể từ thập niên 1990 chính phủ Indonesia tiến hành chương trình chuyển cư ở mức độ lớn, với mục tiêu tài trợ để di chuyển các gia đình nghèo và thiếu đất sản xuất từ Java, Madura và Bali đến Borneo. Đến năm 2001, người chuyển cư chiếm 21% dân số tại Trung Kalimantan.[110] Kể từ thập niên 1990, người Dayak bản địa và người Mã Lai chống lại sự xâm lấn từ những di dân này, và xung đột bạo lực nổ ra giữa một số nhóm chuyển cư và bản địa. Trong các vụ bạo lực Sambas năm 1999, người Dayak và người Mã Lai sát hại hàng nghìn di dân người Madura. Tại Kalimantan, hàng nghìn người bị giết vào năm 2001 trong giao tranh giữa các di dân Madura và người Dayak trong xung đột Sampit.[111]

Thành phố lớn

20 thành phố lớn nhất Borneo dựa theo dân số, điều tra nhân khẩu năm 2010 của Indonesia[112][113] và điều tra nhân khẩu năm 2010 của Malaysia.[114] Dữ liệu dân số là trong khu vực hành chính chính thức và không bao gồm các vùng liền kề hoặc chùm đô thị bên ngoài ranh giới chính thức.